（2）主管机构：日本内阁下设“结构改革特区推进本部”，由首相本人担任本部长，内阁官房长官、金融经济财政大臣和规制改革大臣以及新任命的“结构改革特区担当大臣”为副本部长，其他大臣均为成员。本部还设立干事，干事由首相任命相应行政机构的官员出任。本部的事务性工作由内阁官房负责，内阁府予以协调。

（3）相关法律：2002年12月，日本国会通过法律第189号《构造改革特别区域法》，法律详细规定了特区的基本方针、政府对特区计划的认定标准、特区可实施的法律法规的特殊规定和构造改革特别区域推进本部。截至2006年1月1日，日本13个中央政府部门已制定了包括道路交通、教育、农林水产、产业振兴及医疗等各领域共100余条主要特殊规定。

（4）特区发展情况：截至2006年5月18日，日本内阁官房已认定了11批特区计划，共计批准878个构造改革特区。日本全国47个行政区域都设有特区。其中较具代表性的特区是向普通企业法人放开农耕牧业生产经营的农业特区。

【国家战略特区】日本国家战略特区，是2012年12月上台的安倍政权经济成长战略中的重要一环。旨在加大某区域内经济政策的放宽力度、激发民间投资活力从而促进经济增长。

截至2014年3月28日，日本政府已发表国家战略特区包括：东京圈（国际化商务及创新产业基地）、关西圈（医疗产业及创新型人才培育基地）、冲绳县（国际化旅游观光基地）、新潟县新潟市（大型农业改革基地）、兵库县养父市（农业改革基地）、福冈县福冈市（创业雇佣改革基地）。

【保税区】日本保税区分为指定保税区和许可保税区两种基本类型。

（1）指定保税区：通常由日本各级政府设立，属于城市公共设施。目前日本全境共有85处，主要是在临港地区划分一块区域，在此区域内进行外国货物的装卸、搬运，以及海关报关所需的简单改装与分类，但不能进行改变货物性质的复杂加工和制造，货物存放时间不超过一个月。